我们修行药师经的时候最好有一个仪轨，这样能帮助我们更好的去修行，让我们知道经文讲述道理，从而改变我们的命运的，那么下面就是药师经常用的仪轨了。
一、《皈依发心》《四无量心》(法本第140页)
皈依发心
诸佛正法贤圣三宝尊 从今直至菩提永皈依
我以所修施等诸资粮 为利有情故愿大觉成
四无量心
愿诸众生永具安乐及安乐因，
愿诸众生永离众苦及众苦因，
愿诸众生永具无苦之乐，我心怡悦，
愿诸众生远离贪嗔之心，住平等舍。
二、药师佛修行
根多别至雅依热喔扎 身色琉璃之山王
卓瓦森间那吉得阿赛 遣除众生之病苦
香切森花那吉扩吉果 诸多菩萨众围绕
仁亲曼贞拉拉所瓦得 祈祷药师佛至尊
药师佛心咒(随力念诵)
达雅塔，嗡比喀匝耶比喀匝耶，玛哈比喀匝耶，比喀匝耶ra匝雅，萨摩嘎得所哈。
(根据时间随力念诵。念时观想跟药师佛沟通，药师佛发光消除了我等众生的病苦等，获得了健康。如给病人念，观想药师佛发光照射病人，去除其病苦，获得了健康。)
刚哥格哪恩扎哪尼朵 您身犹如琉璃般
灿慧涅弥喔东巴为格 相好阳光般闪耀
刚拉悉地果嘎觉毕让 普赐众生和平界
炯丹曼利格拉香刹朵 礼赞药师佛之身
刚哥颂哪哲随吉东达 您语寻香妙歌声
常毕让吉纳措得协耶 梵音深远众生意
根得晨续颂Ra嘉措叠 如意似海般经典
炯丹曼利颂拉香刹朵 礼赞药师佛之语
刚歌特哪意西加触叠 您意智慧如大海
慕弥图吉瓦拉切赞比 无缘大悲波涛般
摩楞嘉措扎巴轮哲毕 任运成就似海愿
炯丹曼利特拉香刹朵 礼赞药师佛之意
三、【编者注：此处念诵《回向偈》《成就所愿誓言》《成就所愿咒》《吉祥文》《莲师心咒》(法本第89-105页)】
回向偈
此福已得一切智 摧伏一切过患敌
生老病死犹波涛 愿度苦海诸有情
成就所愿誓言、成就所愿咒
以佛所获三身之加持 法性不变真谛之加持
僧众不退意乐之加持 如是回向发愿悉成就
达雅塔，班赞哲雅阿瓦波达呢耶所哈
吉祥文
金刚上师住世所愿成
僧众讲修增上教法盛
眷属信施财富皆圆满
教法常久住世愿吉祥
莲师心咒
嗡阿吽 班匝格热巴玛色德吽
以上就是药师经完整的仪轨了，这些东西是能让我们更好的去修行药师经的，让我们知道经文讲述的道理，让我们更好的去生活。
